Vakfın Şubelerarası Koordinasyon Toplantısı 1–2 Mayıs 2006 günlerinde Vakıf Genel Merkezinde yapıldı. Toplantıya Genel Başkan ve Yönetim Kurulu üyeleri, şube başkanları, Eğitim Koordinatörü, Vakıf Müdürü ve eğitim merkezlerinin sorumlu müdürleri katıldı. Toplantının ana konusu MEB’na geçiş sürecinde gereken yeni yapılanmaydı.

Toplantıda 1. gün sabah saatlerinde, şubeler söz alarak sorunlarının ve yeni yapılanmayla ilgili kaygılarını dile getirdiler. Öğleden sonra ise sorumlu müdürler, MEB uygulamaları konusunda deneyimli üç arkadaşın başkanlığında çalıştay grupları kurarak yeni yapılanmanın teknik koşulları üstünde çalıştılar.

Ayrı bir mekanda ise Yönetim Kurulu ve şube başkanları toplandılar.Yeni yapılanma sürecinde Genel Müdürlük makamı oluşturulması, sürecin getireceği mali külfetlerle nasıl başedileceği gibi konular tartışıldı. Yeni yapılanmanın yönetimlerle ilgili konularında çalışma yapıp rapor hazırlamak üzere bir komisyon kuruldu.

Toplantının 2. günü çalıştay grupları çalışmalarının sonuçlarını başkanlarla paylaştılar. Vakıf okullarının “Makbule Ölçen Okulları” adı altında toplanması memnuniyetle karşılandı.