Yedi gönüllü üyeden oluşan Vakıf Yönetim Kurulu, çalışmalarını Vakıf Senedinde belirtilen amaçları doğrultusunda yürütür. Şubelerin yönetiminden Vakıf Yönetim Kurulu sorumludur.
Vakıf Genel Merkezi ülkemizde yaşanan zihinsel engellilikle ilgili sorunlar konusunda çözümler üreterek TBMM, Başbakan, ilgili bakanlar ve üst bürokratlarla görüşmeler yaparak sözlü açıklamalar ve yazılı öneriler sunar. Her düzlemde, zihinsel yetersizlere verilen hizmetlerle ilgili yasaların doğru ve sağlıklı çıkarılabilmesi için gerekli her türlü çalışmayı yapar. Engelliler Şuraları vb. gibi ülke çapındaki toplantılarda, Sakatlar Konfederasyonu, Zihinsel Özürlüler Federasyonu ve Zihinsel Engelliler Spor Federasyonu gibi kurumlarda aktif görev üstlenir.
Ankara Gölbaşı’ndaki arazisi üstünde Batı standartlarında eğitim ve rehabilitasyon hizmeti verilebilmesini sağlayacak tesisleri ve kadroyu kurarak şubelere ve aynı hizmeti veren diğer kuruluşlara model olabilecek her türlü önlemi alır, çalışmaları yapar.
Yılın belli zamanlarında şube başkanları ile toplantılar yaparak şubeler arası koordinasyonu sağlar. Zihinsel yetersizlikle ilgili çıkarılan yasa, yönetmelik ve genelgeleri takip ederek şubeleri zamanında haberdar eder ve bunlara uyulmasını sağlar. Şubelerin mali durumlarını denetler, mali yönden sıkıntıya düşen şube ile ilgili gerekli önlemleri alır.
Vakfın önde gelen amacı olan eğitim ve rehabilitasyon hizmetinin her şubede aynı düzeyde uygulanabilmesi için gerekli önlemleri alır. Eğitim programları Genel Merkezde hazırlanarak şubelere gönderilir. Makbule Ölçen Özel Eğitim Kurumları Genel Müdürünün Başkanlığında, yılda iki kez toplantı yapılarak şubeler arası eğitim koordinasyonunu sağlar. Eğitim Koordinatörü şubelerde görevli eğitim koordinatörleriyle birlikte, eğitimde fırsat eşitliğini sağlar. Şubelerdeki eğitim personeline Genel Merkezde hizmet içi eğitim verilmesini sağlar. Eğitimle ilgili geliştirilen yeni teknikler hakkında şubeleri bilgilendirir ve bu tekniklerin uygulanmasını sağlar.
